Transcriptome analysis using RNA-Seq fromexperiments with and without biological replicates: areview

Abstract

A descoberta de ácidos nucléicos abriu novas fronteiras de conhecimento, permitindoque os pesquisadores acessassem uma enorme quantidade de dados, através de metodologias desequenciamento em larga escala e ferramentas de bioinformática. Entre essas novas possibilidades,o RNA-Seq (sequenciamento de RNA) tem sido usado para identificar e quantificar moléculas deRNA. Para obter respostas biológicas mais precisas a partir dos dados de RNA-Seq, algumasquestões devem ser consideradas, como o desenho experimental, o tipo de biblioteca sintetizada, otamanho dos fragmentos gerados, o número de repetições biológicas, a profundidade e cobertura dosequenciamento, a disponibilidade do genoma da espécie e, a escolha dos softwares para executaradequadamente as análises computacionais. Análises bioinformáticas precisas permitem a seleçãode genes com menor taxa de erro, aumentando a assertividade da validação via RT-qPCR e, assim,reduzindo custos. O objetivo desta revisão foi apresentar as etapas de análise de dados de RNA-Seq,desde o projeto experimental até a biologia dos sistemas, considerando pontos relevantes, bemcomo apontar alguns softwares atualmente disponíveis para realizar essas análises. Além disso, comesta revisão, objetivamos ajudar a comunidade acadêmica a compreender todas as etapas e viesesenvolvidos na análise de dados de RNA-Seq, a partir de experimentos com ou sem réplicasbiológicas.